Microsoft је објавио листу апликација које неће бити компатибилне са Windows Vista Service Packом 1. Званични представник је изјавио да је примећено појављивање проблема са одређеним софтверима који се не могу покренути када се сервисни пакет инсталира. За сада је познато да је неколико антивирус апликација угрожено међу којима су BitDefender 10, Jiangmin KV 10 и KV 2008 као и Trend Micro Internet Security 2008. Међутим, сва три произвођача су издала updateове који софтвер чине компатибилним са новом верзијом Wиндоwс оперативног система. Поред тога, Microsoft је такође навео и неколико програма који се не могу покренути одмах након инсталирања SP1.